Cerca de la orilla del río Tinto existía un edificio para bodegones y almacén, conocido con el nombre de Alota. Era en este bodegón de la Alota donde se procedía al registro de las mercancías que llegaban a la villa por mar y también era el lugar donde se subastaba el pescado. En la Alota de Palos se contrataban las pesquerías de buena parte de la comarca, e, incluso, dos palermos, Juan Venegas y Pedro Alonso Cansino, eran los encargados de conceder licencias de pesca en aguas Atlanticoafricanas, en la zona comprendida entre el cabo Bojador y el Río de Oro , que tenían arrendadas a los Reyes Católicos.
La Alota propiedad señorial, era además arrendada como mesón o posada para marinos forasteros. El arrendador del bodegón de la Alota se comprometía a conservar el edificio. Así mismo, se obligaba dicho arrendador de estar siempre suficientemente provisto de pan, vino, carne, fruta, sal, etc, para servir a sus huéspedes, cuyo número debió ser considerable, casi nunca inferior a un centenar, considerando el volumen del tráfico de embarcaciones foráneas.
Otra instalación importante anexa, era la herrería, así como los pozos y fuentes necesarios para el suministro de agua potable a las embarcaciones y a la propia Alota.
Existía así mismo barracones para carpinteros de ribera, cordeleros, veleros y todo tipo de artesanos duchos en las reparaciones de las embarcaciones.
Como curiosidad en la Alota se podían portar armas, mientras que en el puerto de Palos estaba prohibido portarlas por ordenanza municipal.